L’any 1965 els Germans de Sant Joan de Déu van iniciar la tasca assistencial i hospitalària a les comarques de Lleida, creant una Colònia Agrícola al Centre d'Almacelles per a persones adultes amb discapacitat. Les persones ateses es dedicaven a fer feines del camp i aprovisionaven de productes naturals altres centres de l’Orde Hospitalari.
A final dels anys 70 l’activitat va començar a augmentar, consolidant-se com a Centre Assistencial mantenint l’àmbit rural com a mitjà terapèutic i ocupacional dels usuaris. És llavors que es requereix més recursos humans i comença la col·laboració amb el personal laic i els voluntaris.
El creixement de Sant Joan de Déu a Almacelles ha estat constant. Als anys 90 s’hi va incorporar una residència assistida, el centre especial de treball "El Pla" i tallers ocupacionals, complementats amb programes adreçats a millorar l’atenció de la salut mental i les persones amb discapacitat intel·lectual.
L'any 2003 es van inaugurar les unitats de Salut Mental, Unitat de Trastorn de Conducta i la Residència Especialitzada d'envelliment i pluridiscapacitat.
L’any 2003 l'Orde Hospitalari compra el Centre de Salut Mental Infantil i Juvenil, fins llavors gestionat per SEMIPE-SLU assumint la filosofia institucional, els principis ideològics de l’Orde Hospitalari de Sant Joan de Déu i els valors fonamentals de la institució.
L'any 2013 s'amplia l'atenció a persones amb Discapacitat Intel·lectual i Trastorn de Conducta oferint nous espais residencials al centre d'Almacelles amb l'obertura d'un nou edifici amb capacitat per a 90 persones.
El 2014 es crea la Unitat Especialitzada en Discapacitat Intel·lectual (UHEDI) única en tota la Província de Lleida, l'any 2015 es posa en funcionament la Llar-Residència per a persones amb Salut Mental i que posteriorment passarà a les instal.lacions de l'Acadèmia Mariana de Lleida; i el 2017 es crea la Unitat Neuropsiquiàtrica de Dany cerebral (UNDACE); inicialment també ubicada al Centre d'Almacelles i amb posterioritat a l'Hospital de Lleida.
El Juny del 2016, la denominació social dels centres de l'Orde en la província de Lleida es modifica passant a anomenar-se SANT JOAN DE DEU TERRES DE LLEIDA.
Aquest canvi respon a la voluntat de visualitzar el projecte d'Hospitalitat a les comarques de Lleida integrant els serveis que l'Orde presta en aquesta zona.
El novembre del 2016 Sant Joan de Déu Terres de Lleida i el Bisbat de Lleida, signen un acord de col.laboració per a ubicar la Llar Residència de Salut Mental (fins llavors ubicada al Centre d'Almacelles) als espais residencials de la Casa de l'Església (Acadèmia Mariana). En les mateixes instal.lacions de l'Acadèmia Mariana, s'ubica també el despatx dels professionals que desenvolupen el Projecte Housing First (La Casa Primer). Aquest projecte és també fruit d'un conveni de col.laboració entre l'Ajuntament de Lleida i Sant Joan de Déu Terres de Lleida, consistent en facilitar allotjament en habitatges estables a persones sense llar amb necessitats socials estables.
L'abril del 2017 es posa en funcionament el nou Hospital Sant Joan de Déu de Lleida. Es tracta d'un edifici de tipologia aïllada que consta de planta soterrani, planta baixa i tres plantes. A la planta baixa hi ha els serveis ambulatoris del Centre de Salut Mental Infantojuvenil (CSMIJ) i l'Hospital de Dia Infantojuvenil; el Servei Especialitzat en Salut Mental i Discapacitat Intel.lectual (SESMDI), i una àrea Docent. A la planta primera s'ubica una unitat de Subaguts i la Unitat Neuropsiquiàtrica de Dany Cerebral Adquirit (UNDACE). A la planta segona hi ha dues unitats, d'Alta Dependència Psiquiàtrica i finalment a la tercera planta es troben les unitats de rehabilitació, una altra Unitat d'Alta Dependència Psiquiàtrica i una Unitat d'Atenció Psiquiàtrica Especialitzada en Salut Mental (UAPE).
El març del 2018, la Direcció General d'Atenció a la Infància (DGAIA) del Departament de Drets Socials, rep l'encàrrec de posar en funcionament de forma urgent un nou servei d'acollida de Joves Migrats Sols (JMS), i un Centre d'Emergència, tots dos ubicats al Centre d'Almacelles.
Després d'un any de funcionament en l’Atenció a Joves Migrats Sols, Sant Joan de Déu Terres de Lleida, va decidir fer una aposta pels recursos de continuïtat perquè valora la necessitat de finalitzar el procés iniciat amb els joves i perquè la mateixa Direcció General d'Atenció a la Infància i Adolescència (DGAIA) va prioritzar pel 2019, accions de continuïtat per a majors d’edat i la recerca d’oportunitats laborals.
En concret, els dos recursos que es van posar en funcionament el maig del 2019 són: un Servei de Pis Assistit per a joves de 16 a 18 anys i un Servei de Pis per ajoves vinculats a programes d'inserció laboral situats a la ciutat de Lleida.
Al gener del 2021, Sant Joan de Déu Terres de Lleida signa un acord de col.laboració amb la Fundació Fiella per gestionar durant 4 anys la residència Sant Hospital de Tremp, incorporant així una nova àrea d'atenció a la Gent Gran. La residència té una capacitat de 150 places.
Al maig del 2022, Sant Joan de Déu Terres de Lleida assumeix la gestió del Centre Rehabilitador d'Acció Educativa (CRAE) Mare Esperança, gestionat fins ara per una congregació religiosa. En aquest CRAE s'atenen infants i adolescents de 0 a 18 anys i amb una capacitat de 19 places.
El 5 d'abril del 2023, Sant Joan de Déu Terres de Lleida passa a gestionar la residència i centre de dia Plançó per a persones amb trastorn del espectre autista (TEA), que fins ara gestionava l'associació Plançó.